科學館隸屬澎湖文化局。本館共分三樓層，一樓面積二百八十平方公尺；二樓二百八十平方公尺；三樓一百二十一平方公尺。本館的特色在於天文科學儀器與內部空間再利用的使用，一樓目前屬於特展區，展示地方文化特色或是台灣主要博物館（如故宮、國立自然博物館等）借展活動，作為學校戶外教學或是地方民眾了解台灣或澎湖地方各文化的場所。二樓分二區，南廳是澎湖自然學友之家，作為澎湖地區收集、研究、調查自然環境資源的中心，焦結多方領域的同好，運用澎湖的資源，進行更多基礎性的資料建立，也不定期舉辦活動，達到推廣教育；北廳目前是常設展，主題是鯨展。三樓是天文展示區，常配合一些天文現象開放或舉辦相關活動。
三樓天文展示區裡的天文望眼鏡等以及二樓鯨展鯨魚標本等皆是重要館藏。望眼鏡設備配會活動舉辦使用，而鯨魚標本是在吉貝擱淺的鯨魚，後來埋入文化局，在整修園區時，重新出現在民眾眼前，並組成現今的模樣。
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